Conda Foglio di riferimento

Dimenticati i parametri dei comandi conda?

Indice

Ecco un Conda Cheatsheet che ho compilato un po’ di tempo fa…
Questo Conda Cheatsheet copre i comandi e i suggerimenti più essenziali per la gestione degli ambienti, dei pacchetti e dei canali che ho trovato utili.

Conda addormentato

Installazione e Aggiornamento di Conda

Verifica l’installazione e la versione di Conda:
```
conda info
```
Aggiorna Conda:
```
conda update conda
```
Aggiorna il pacchetto meta Anaconda:
```
conda update anaconda
```

Gestione degli Ambienti

Crea un nuovo ambiente:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Specifica la versione di Python
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Crea con pacchetti specifici

Attiva un ambiente:

conda activate my_env  # Su Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # Su Linux, OS X (vecchia sintassi)

Disattiva un ambiente:
```
conda deactivate
```
Elenca tutti gli ambienti:
```
conda env list
conda info --envs
```

Clona un ambiente:

conda create --clone old_env --name new_env

Rinomina un ambiente:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Elimina un ambiente:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Elenca le revisioni di un ambiente:
```
conda list --revisions
```

Ripristina un ambiente a una revisione:

conda install --rev 3  # Torna indietro alla revisione 3

Gestione dei Pacchetti

Elenca i pacchetti installati:

conda list
conda list -n my_env  # Elenca i pacchetti in un ambiente specifico

Installa un pacchetto:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Installa da un canale specifico
conda install package_name=1.2.3  # Installa una versione specifica

Aggiorna tutti i pacchetti in un ambiente:
```
conda update --all
```

Disinstalla un pacchetto:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Disinstalla da un ambiente specifico

Cerca pacchetti:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Cerca in un canale specifico

Lavorare con i Canali

Elenca i canali:
```
conda config --show channels
```

Aggiungi un canale:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Aggiungi con priorità più alta
conda config --append channels bioconda  # Aggiungi con priorità più bassa

Imposta la priorità dei canali:

conda config --set channel_priority strict

Esportare e Importare Ambienti

Esporta l’ambiente in YAML:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Esporta solo i pacchetti esplicitamente richiesti

Importa l’ambiente da YAML:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Esporta l’ambiente in un file di testo:
```
conda list --export > requirements.txt
```

Importa l’ambiente da un file di testo:

conda create --name my_env --file requirements.txt

Comandi Aggiuntivi

Ottieni aiuto per un comando:
```
conda -h
conda install -h
```
Pulisci i file non utilizzati:
```
conda clean --all
```

Esamina la configurazione di Conda:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (Opzionale)

Mamba è un’alternativa più veloce a Conda, ma ha alcune limitazioni, soprattutto riguardo alle revisioni degli ambienti.

Installa Mamba:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Utilizza Mamba in modo intercambiabile con Conda: La maggior parte dei comandi è la stessa, ma Mamba non supporta il rollback delle revisioni degli ambienti[2][4].

Consigli

Crea nomi descrittivi per gli ambienti: Aiuta a gestire diversi ambienti.
Attiva l’ambiente prima di installare i pacchetti: Assicura che i pacchetti siano installati nell’ambiente corretto.
Utilizza canali specifici per i pacchetti: Assicura di ottenere i pacchetti dalle fonti desiderate.
Evita conflitti di dipendenze: Installa tutti i programmi nell’ambiente nello stesso momento[5].