Conda-Kurztaste

Haben Sie die conda-Befehlsparameter vergessen?

Inhaltsverzeichnis

Hier ist ein Conda Cheatsheet, das ich vor einiger Zeit erstellt habe…
Dieses Conda Cheatsheet behandelt die wichtigsten Befehle und Tipps zur Verwaltung von Umgebungen, Paketen und Kanälen die ich nützlich gefunden habe.

Schlafender Conda

Installieren und Aktualisieren von Conda

Conda-Installation und -Version prüfen:
```
conda info
```
Conda aktualisieren:
```
conda update conda
```
Anaconda-Metapaket aktualisieren:
```
conda update anaconda
```

Umgebungen verwalten

Neue Umgebung erstellen:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Python-Version angeben
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Mit spezifischen Paketen erstellen

Eine Umgebung aktivieren:

conda activate my_env  # Auf Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # Auf Linux, OS X (ältere Syntax)

Eine Umgebung deaktivieren:
```
conda deactivate
```
Alle Umgebungen auflisten:
```
conda env list
conda info --envs
```

Eine Umgebung klonen:

conda create --clone old_env --name new_env

Eine Umgebung umbenennen:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Eine Umgebung löschen:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Revisionen einer Umgebung auflisten:
```
conda list --revisions
```

Eine Umgebung auf eine Revision zurücksetzen:

conda install --rev 3  # Auf Revision 3 zurückkehren

Pakete verwalten

Installierte Pakete auflisten:

conda list
conda list -n my_env  # Pakete in einer bestimmten Umgebung auflisten

Ein Paket installieren:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Aus einem bestimmten Kanal installieren
conda install package_name=1.2.3  # Eine bestimmte Version installieren

Alle Pakete in einer Umgebung aktualisieren:
```
conda update --all
```

Ein Paket deinstallieren:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Aus einer bestimmten Umgebung deinstallieren

Nach Paketen suchen:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # In einem bestimmten Kanal suchen

Mit Kanälen arbeiten

Kanäle auflisten:
```
conda config --show channels
```

Einen Kanal hinzufügen:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Mit höchster Priorität hinzufügen
conda config --append channels bioconda  # Mit niedrigster Priorität hinzufügen

Kanalpriorität festlegen:

conda config --set channel_priority strict

Umgebungen exportieren und importieren

Umgebung in YAML exportieren:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Nur explizit angeforderte Pakete exportieren

Umgebung aus YAML importieren:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Umgebung in Textdatei exportieren:
```
conda list --export > requirements.txt
```

Umgebung aus Textdatei importieren:

conda create --name my_env --file requirements.txt

Zusätzliche Befehle

Hilfe zu einem Befehl erhalten:
```
conda -h
conda install -h
```
Nicht genutzte Dateien bereinigen:
```
conda clean --all
```

Conda-Konfiguration prüfen:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (optional)

Mamba ist eine schnellere Alternative zu Conda, hat jedoch einige Einschränkungen, insbesondere hinsichtlich von Umgebungsrevisionen.

Mamba installieren:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Mamba stattdessen Conda verwenden: Die meisten Befehle sind identisch, Mamba unterstützt jedoch nicht das Zurückrollen von Umgebungsrevisionen[2][4].

Tipps

Beschreibende Umgebungsnamen erstellen: Hilft bei der Verwaltung mehrerer Umgebungen.
Umgebung aktivieren, bevor Pakete installiert werden: Stellt sicher, dass Pakete in die richtige Umgebung installiert werden.
Spezifische Kanäle für Pakete verwenden: Stellt sicher, dass Sie die Pakete von den gewünschten Quellen erhalten.
Abhängigkeitskonflikte vermeiden: Installieren Sie alle Programme in der Umgebung gleichzeitig[5].