Conda cheatsheet

Esqueceu os parâmetros dos comandos do conda?

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Aqui está um [Conda Cheatsheet](https://www.glukhov.org/pt/post/2024/10/conda-cheatsheet/ “Conda Cheatsheet abrangente) que compilei há algum tempo… Este [Conda Cheatsheet](https://www.glukhov.org/pt/post/2024/10/conda-cheatsheet/ “Conda Cheatsheet abrangente) abrange os comandos e dicas mais essenciais para gerenciar ambientes, pacotes e canais que encontrei úteis.

Conda dormindo

Instalando e Atualizando Conda

Verificar a instalação e a versão do Conda:
```
conda info
```
Atualizar o Conda:
```
conda update conda
```
Atualizar o pacote meta Anaconda:
```
conda update anaconda
```

Gerenciando Ambientes

Criar um novo ambiente:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Especificar a versão do Python
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Criar com pacotes específicos

Ativar um ambiente:

conda activate my_env  # Em Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # Em Linux, OS X (sintaxe mais antiga)

Desativar um ambiente:
```
conda deactivate
```
Listar todos os ambientes:
```
conda env list
conda info --envs
```

Clonar um ambiente:

conda create --clone old_env --name new_env

Renomear um ambiente:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Excluir um ambiente:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Listar revisões de um ambiente:
```
conda list --revisions
```

Restaurar um ambiente para uma revisão:

conda install --rev 3  # Reverter para a revisão 3

Gerenciando Pacotes

Listar pacotes instalados:

conda list
conda list -n my_env  # Listar pacotes em um ambiente específico

Instalar um pacote:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Instalar de um canal específico
conda install package_name=1.2.3  # Instalar uma versão específica

Atualizar todos os pacotes em um ambiente:
```
conda update --all
```

Desinstalar um pacote:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Desinstalar de um ambiente específico

Buscar pacotes:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Buscar em um canal específico

Trabalhando com Canais

Listar canais:
```
conda config --show channels
```

Adicionar um canal:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Adicionar com prioridade mais alta
conda config --append channels bioconda  # Adicionar com prioridade mais baixa

Definir a prioridade dos canais:

conda config --set channel_priority strict

Exportando e Importando Ambientes

Exportar um ambiente para YAML:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Exportar apenas os pacotes explicitamente solicitados

Importar um ambiente a partir de YAML:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Exportar um ambiente para um arquivo de texto:
```
conda list --export > requirements.txt
```
Importar um ambiente a partir de um arquivo de texto:
```
conda create --name my_env --file requirements.txt
```

Comandos Adicionais

Obter ajuda para um comando:
```
conda -h
conda install -h
```
Limpar arquivos não utilizados:
```
conda clean --all
```

Examinar a configuração do Conda:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (Opcional)

O Mamba é uma alternativa mais rápida ao Conda, mas tem algumas limitações, especialmente quanto às revisões de ambientes.

Instalar o Mamba:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Usar o Mamba de forma intercambiável com o Conda: A maioria dos comandos é a mesma, mas o Mamba não suporta reverter revisões de ambientes[2][4].

Dicas

Crie nomes descritivos para os ambientes: Ajuda no gerenciamento de múltiplos ambientes.
Ative o ambiente antes de instalar pacotes: Garante que os pacotes sejam instalados no ambiente correto.
Use canais específicos para pacotes: Garante que você obtenha os pacotes das fontes desejadas.
Evite conflitos de dependências: Instale todos os programas no ambiente ao mesmo tempo[5].