Conda Cheatsheet - Parâmetros de linha de comando do Anaconda - comandos do conda mais úteis

Esqueceu os parâmetros do comando conda?

Conteúdo da página

Aqui está um Resumo Rápido de Conda que compilei há algum tempo… Este Resumo Rápido de Conda cobre os comandos e dicas mais essenciais para gerenciar ambientes, pacotes e canais que encontrei úteis.

Conda dormindo

Dê uma olhada no uv - Novo Gerenciador de Pacotes, Projetos e Ambientes Python

Instalando e Atualizando o Conda

Verificar Instalação e Versão do Conda:
```
conda info
```
Atualizar o Conda:
```
conda update conda
```
Atualizar o Pacote Meta Anaconda:
```
conda update anaconda
```

Gerenciando Ambientes

Criar um Novo Ambiente:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Especificar versão do Python
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Criar com pacotes específicos

Ativar um Ambiente:

conda activate my_env  # No Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # No Linux, OS X (sintaxe mais antiga)

Desativar um Ambiente:
```
conda deactivate
```
Listar Todos os Ambientes:
```
conda env list
conda info --envs
```

Clonar um Ambiente:

conda create --clone old_env --name new_env

Renomear um Ambiente:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Excluir um Ambiente:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Listar Revisões de um Ambiente:
```
conda list --revisions
```

Restaurar Ambiente para uma Revisão:

conda install --rev 3  # Voltar à revisão 3

Gerenciando Pacotes

Listar Pacotes Instalados:

conda list
conda list -n my_env  # Listar pacotes em um ambiente específico

Instalar um Pacote:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Instalar de um canal específico
conda install package_name=1.2.3  # Instalar uma versão específica

Atualizar Todos os Pacotes em um Ambiente:
```
conda update --all
```

Desinstalar um Pacote:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Desinstalar de um ambiente específico

Pesquisar Pacotes:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Pesquisar em um canal específico

Trabalhando com Canais

Listar Canais:
```
conda config --show channels
```

Adicionar um Canal:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Adicionar com maior prioridade
conda config --append channels bioconda  # Adicionar com menor prioridade

Definir Prioridade do Canal:

conda config --set channel_priority strict

Exportando e Importando Ambientes

Exportar Ambiente para YAML:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Exportar apenas pacotes solicitados explicitamente

Importar Ambiente de YAML:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Exportar Ambiente para Arquivo de TEXTO:
```
conda list --export > requirements.txt
```

Importar Ambiente de Arquivo de TEXTO:

conda create --name my_env --file requirements.txt

Comandos Adicionais

Obter Ajuda para um Comando:
```
conda -h
conda install -h
```
Limpar Arquivos Não Utilizados:
```
conda clean --all
```

Examinar Configuração do Conda:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (Opcional)

O Mamba é uma alternativa mais rápida ao Conda, mas possui algumas limitações, especialmente no que diz respeito às revisões de ambientes.

Instalar Mamba:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Usar Mamba de Forma Intercambiável com Conda: A maioria dos comandos é a mesma, mas o Mamba não suporta retorno às revisões de ambientes.

Dicas

Criar Nomes Descritivos para Ambientes: Ajuda a gerenciar múltiplos ambientes.
Ativar o Ambiente Antes de Instalar Pacotes: Garante que os pacotes sejam instalados no ambiente correto.
Usar Canais Específicos para Pacotes: Garante que você obtenha os pacotes das fontes desejadas.
Evitar Conflitos de Dependências: Instale todos os programas no ambiente ao mesmo tempo.