Karta cheat - parametry wiersza poleceń Anaconda

Zapomniałeś parametrów polecenia conda?

Page content

Oto arkusz skrótów dla Conda, który stworzyłem kilka czasów temu…
Ten arkusz skrótów Conda obejmuje najważniejsze polecenia i wskazówki dotyczące zarządzania środowiskami, pakietami i kanałami które wydają się mi przydatne.

Spokojny conda

Instalowanie i aktualizowanie Conda

Sprawdzenie instalacji i wersji Conda:
```
conda info
```
Aktualizacja Conda:
```
conda update conda
```
Aktualizacja metapakietu Anaconda:
```
conda update anaconda
```

Zarządzanie środowiskami

Utworzenie nowego środowiska:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Określenie wersji Pythona
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Utwórz z konkretnymi pakietami

Aktywowanie środowiska:

conda activate my_env  # Na Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # Na Linux, OS X (stary składnia)

Dezaktywowanie środowiska:
```
conda deactivate
```
Wyświetlanie wszystkich środowisk:
```
conda env list
conda info --envs
```

Klonowanie środowiska:

conda create --clone old_env --name new_env

Zmiana nazwy środowiska:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Usuwanie środowiska:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Wyświetlanie wersji środowiska:
```
conda list --revisions
```

Przywracanie środowiska do wersji:

conda install --rev 3  # Przywrócenie do wersji 3

Zarządzanie pakietami

Wyświetlanie zainstalowanych pakietów:

conda list
conda list -n my_env  # Wyświetlanie pakietów w konkretnym środowisku

Instalacja pakietu:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Instalacja z konkretnego kanału
conda install package_name=1.2.3  # Instalacja konkretnej wersji

Aktualizacja wszystkich pakietów w środowisku:
```
conda update --all
```

Usuwanie pakietu:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Usuwanie z konkretnego środowiska

Wyszukiwanie pakietów:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Wyszukiwanie w konkretnym kanale

Pracowanie z kanałami

Wyświetlanie kanałów:
```
conda config --show channels
```

Dodanie kanału:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Dodaj z najwyższy priorytetem
conda config --append channels bioconda  # Dodaj z najniższym priorytetem

Ustawienie priorytetu kanału:

conda config --set channel_priority strict

Eksportowanie i importowanie środowisk

Eksportowanie środowiska do pliku YAML:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Eksportuj tylko jawnie zapytane pakiety

Importowanie środowiska z pliku YAML:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Eksportowanie środowiska do pliku tekstowego:
```
conda list --export > requirements.txt
```

Importowanie środowiska z pliku tekstowego:

conda create --name my_env --file requirements.txt

Dodatkowe polecenia

Pobranie pomocy dla polecenia:
```
conda -h
conda install -h
```
Wyczyszczenie nieużywanych plików:
```
conda clean --all
```

Analiza konfiguracji Conda:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (opcjonalnie)

Mamba to szybsza alternatywa dla Conda, ale ma pewne ograniczenia, szczególnie w zakresie wersji środowisk.

Instalacja Mamba:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Użycie Mamba zamiennie z Conda: Większość poleceń jest taka sama, ale Mamba nie obsługuje cofania wersji środowisk[2][4].

Wskazówki

Twórz opisowe nazwy środowisk: Pomaga w zarządzaniu wieloma środowiskami.
Aktywuj środowisko przed instalacją pakietów: Zapewnia, że pakiety są instalowane w odpowiednim środowisku.
Używaj konkretnych kanałów do pakietów: Zapewnia, że otrzymasz pakiety z pożądanych źródeł.
Unikaj konfliktów zależności: Instaluj wszystkie programy w środowisku jednocześnie[5].