Feuille de rappel Conda

Oublié les paramètres des commandes conda ?

Sommaire

Voici une fiche de rappel Conda que j’ai compilée il y a un certain temps… Cette fiche de rappel Conda couvre les commandes et astuces les plus essentielles pour gérer les environnements, les paquets et les canaux que j’ai trouvées utiles.

Conda endormi

Installation et mise à jour de Conda

Vérifier l’installation et la version de Conda :
```
conda info
```
Mettre à jour Conda :
```
conda update conda
```
Mettre à jour le package méta Anaconda :
```
conda update anaconda
```

Gestion des environnements

Créer un nouvel environnement :

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Spécifier la version de Python
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Créer avec des paquets spécifiques

Activer un environnement :

conda activate my_env  # Sur Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # Sur Linux, OS X (ancienne syntaxe)

Désactiver un environnement :
```
conda deactivate
```
Lister tous les environnements :
```
conda env list
conda info --envs
```

Cloner un environnement :

conda create --clone old_env --name new_env

Renommer un environnement :
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Supprimer un environnement :

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Lister les révisions d’un environnement :
```
conda list --revisions
```

Restaurer un environnement à une révision :

conda install --rev 3  # Revenir à la révision 3

Gestion des paquets

Lister les paquets installés :

conda list
conda list -n my_env  # Lister les paquets dans un environnement spécifique

Installer un paquet :

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Installer depuis un canal spécifique
conda install package_name=1.2.3  # Installer une version spécifique

Mettre à jour tous les paquets d’un environnement :
```
conda update --all
```

Désinstaller un paquet :

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Désinstaller d'un environnement spécifique

Rechercher des paquets :

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Rechercher dans un canal spécifique

Travail avec les canaux

Lister les canaux :
```
conda config --show channels
```

Ajouter un canal :

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Ajouter avec la priorité la plus élevée
conda config --append channels bioconda  # Ajouter avec la priorité la plus basse

Définir la priorité des canaux :

conda config --set channel_priority strict

Exportation et importation d’environnements

Exporter un environnement vers un fichier YAML :

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Exporter uniquement les paquets explicitement demandés

Importer un environnement à partir d’un fichier YAML :
```
conda env create --name my_env --file environment.yml
```
Exporter un environnement vers un fichier texte :
```
conda list --export > requirements.txt
```
Importer un environnement à partir d’un fichier texte :
```
conda create --name my_env --file requirements.txt
```

Commandes supplémentaires

Obtenir de l’aide pour une commande :
```
conda -h
conda install -h
```
Nettoyer les fichiers inutilisés :
```
conda clean --all
```

Examiner la configuration de Conda :

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (Optionnel)

Mamba est une alternative plus rapide à Conda, mais elle a certaines limites, notamment concernant les révisions des environnements.

Installer Mamba :
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Utiliser Mamba de manière interchangeable avec Conda : La plupart des commandes sont identiques, mais Mamba ne prend pas en charge le retour en arrière des révisions d’environnement[2][4].

Conseils

Créer des noms d’environnements descriptifs : Aide à la gestion de plusieurs environnements.
Activer l’environnement avant d’installer des paquets : Assure que les paquets sont installés dans l’environnement correct.
Utiliser des canaux spécifiques pour les paquets : Assure que vous obtenez les paquets des sources souhaitées.
Éviter les conflits de dépendances : Installez tous les programmes dans l’environnement en même temps[5].