Conda CheatSheet

Vergeten de conda opdrachtparameters?

Inhoud

Hier is een Conda Cheatsheet die ik ooit heb samengesteld… Deze Conda Cheatsheet behandelt de meest essentiële opdrachten en tips voor het beheren van omgevingen, pakketten en kanalen die ik heb gevonden.

Slaapende conda

Installeren en bijwerken van Conda

Controleer de installatie en versie van Conda:
```
conda info
```
Bijwerk Conda:
```
conda update conda
```
Bijwerk het Anaconda Meta-pakket:
```
conda update anaconda
```

Beheren van omgevingen

Maak een nieuwe omgeving aan:

conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # Specificeer de Python-versie
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # Maak aan met specifieke pakketten

Activeer een omgeving:

conda activate my_env  # Op Windows, Linux, macOS
source activate my_env  # Op Linux, OS X (oude syntaxis)

Deactiveer een omgeving:
```
conda deactivate
```
Lijst met alle omgevingen:
```
conda env list
conda info --envs
```

Kloon een omgeving:

conda create --clone old_env --name new_env

Hernoem een omgeving:
```
conda env rename -n old_env -d new_env
```

Verwijder een omgeving:

conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all

Lijst met revisies van een omgeving:
```
conda list --revisions
```

Herstel een omgeving naar een revisie:

conda install --rev 3  # Terugkeren naar revisie 3

Beheren van pakketten

Lijst met geïnstalleerde pakketten:

conda list
conda list -n my_env  # Lijst pakketten in een specifieke omgeving

Installeer een pakket:

conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # Installeer vanuit een specifieke kanaal
conda install package_name=1.2.3  # Installeer een specifieke versie

Bijwerk alle pakketten in een omgeving:
```
conda update --all
```

Verwijder een pakket:

conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # Verwijder vanuit een specifieke omgeving

Zoek naar pakketten:

conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # Zoek in een specifieke kanaal

Werken met kanalen

Lijst met kanalen:
```
conda config --show channels
```

Voeg een kanaal toe:

conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # Voeg toe met hoogste prioriteit
conda config --append channels bioconda  # Voeg toe met laagste prioriteit

Stel kanaalprioriteit in:

conda config --set channel_priority strict

Exporteren en importeren van omgevingen

Exporteer omgeving naar YAML:

conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # Exporteer alleen expliciet aangevraagde pakketten

Importeer omgeving vanuit YAML:

conda env create --name my_env --file environment.yml

Exporteer omgeving naar tekstbestand:
```
conda list --export > requirements.txt
```

Importeer omgeving vanuit tekstbestand:

conda create --name my_env --file requirements.txt

Extra opdrachten

Krijg hulp bij een opdracht:
```
conda -h
conda install -h
```
Reinig ongebruikte bestanden:
```
conda clean --all
```

Bekijk Conda configuratie:

conda config --get
conda config --get channels

Mamba (optioneel)

Mamba is een snellere alternatief voor Conda, maar het heeft wel beperkingen, vooral wat betreft revisies van omgevingen.

Installeer Mamba:
```
conda install -c conda-forge mamba
```
Gebruik Mamba in plaats van Conda: De meeste opdrachten zijn hetzelfde, maar Mamba ondersteunt geen terugkeren naar revisies van omgevingen[2][4].

Tips

Maak beschrijvende namen voor omgevingen: Helpt bij het beheren van meerdere omgevingen.
Activeer de omgeving voor het installeren van pakketten: Zorgt ervoor dat pakketten in de juiste omgeving worden geïnstalleerd.
Gebruik specifieke kanalen voor pakketten: Zorgt ervoor dat je de pakketten krijgt van de gewenste bronnen.
Voorkom afhankelijkheidsconflicten: Installeer alle programma’s in de omgeving tegelijk[5].