Conda 快速参考指南

忘记 conda 命令参数了？

目录

以下是我在一段时间前整理的 Conda 命令速查表…
这份 Conda 命令速查表 涵盖了管理环境、包和通道时最核心的命令和技巧 我发现很有用。

睡觉的 conda

安装和更新 Conda

  • 验证 Conda 安装和版本： 
    conda info
  • 更新 Conda： 
    conda update conda
  • 更新 Anaconda 元包： 
    conda update anaconda

管理环境

  • 创建新环境： 
    conda create --name my_env
conda create -n my_env python=3.8  # 指定 Python 版本
conda create -n bioinfo fastqc trimmomatic bwa  # 与特定包一起创建
  • 激活环境： 
    conda activate my_env  # 在 Windows、Linux、macOS 上
source activate my_env  # 在 Linux、OS X（旧语法）上
  • 停用环境： 
    conda deactivate
  • 列出所有环境： 
    conda env list
conda info --envs
  • 克隆环境： 
    conda create --clone old_env --name new_env
  • 重命名环境： 
    conda env rename -n old_env -d new_env
  • 删除环境： 
    conda env remove -n my_env
conda remove --name my_env --all
  • 列出环境的修订版本： 
    conda list --revisions
  • 将环境恢复到某个修订版本： 
    conda install --rev 3  # 回滚到修订版本 3

管理包

  • 列出已安装的包： 
    conda list
conda list -n my_env  # 列出特定环境中的包
  • 安装包： 
    conda install package_name
conda install -c conda-forge package_name  # 从特定通道安装
conda install package_name=1.2.3  # 安装特定版本
  • 更新环境中的所有包： 
    conda update --all
  • 卸载包： 
    conda remove package_name
conda remove --name my_env package_name  # 从特定环境中卸载
  • 搜索包： 
    conda search package_name
conda search -c conda-forge package_name  # 在特定通道中搜索

使用通道

  • 列出通道： 
    conda config --show channels
  • 添加通道： 
    conda config --add channels conda-forge
conda config --prepend channels conda-forge  # 以最高优先级添加
conda config --append channels bioconda  # 以最低优先级添加
  • 设置通道优先级： 
    conda config --set channel_priority strict

导出和导入环境

  • 将环境导出为 YAML 文件： 
    conda env export > environment.yml
conda env export --from-history > environment.yml  # 仅导出明确指定的包
  • 从 YAML 文件导入环境： 
    conda env create --name my_env --file environment.yml
  • 将环境导出为文本文件： 
    conda list --export > requirements.txt
  • 从文本文件导入环境： 
    conda create --name my_env --file requirements.txt

其他命令

  • 获取命令帮助： 
    conda -h
conda install -h
  • 清理未使用的文件： 
    conda clean --all
  • 查看 Conda 配置： 
    conda config --get
conda config --get channels

Mamba（可选）

Mamba 是 Conda 的一个更快的替代工具，但它有一些限制，尤其是在环境修订方面。

  • 安装 Mamba： 
    conda install -c conda-forge mamba
  • 使用 Mamba 替代 Conda： 大多数命令是相同的，但 Mamba 不支持回滚环境修订[2][4]。

小贴士

  • 创建描述性的环境名称：有助于管理多个环境。
  • 安装包前激活环境：确保包安装到正确的环境中。
  • 使用特定通道安装包：确保从期望的来源获取包。
  • 避免依赖冲突：同时在环境中安装所有程序[5]。

有用的链接